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档案整理首先要保持历史联系的关联性
某些档案材料由于保存的时间较长，其自身和档案整理体系都会发生某些变化，也要对其进行相应的调整。对零散文件的整理，且对档案进行全过程的整理工作，包括区分全宗类档案的分类。整理工作的基本原则是大方向的整理，首先就是必须保持文件之间真实历史的联系，而文件之间历史联系主要体现为文件在其来源、形成、时间、内容和形式等方面密不可分的关联性。因此我们这个原则，首先要保持文件之间这种历史联系以及各个方面的关联性。
档案数字化工作的实质是如实转换
档案数字化整理工作的实质就是如实转换，无论是扫描、翻拍还是模拟转数字，其中心就是将原始档案拷贝至另一种载体形态之上，并保证内容、信息结构不变，完整和安全，同时便于查找和利用。
档案数字化前期整理工作的规划及实施应以此为出发点。档案数字化前期整理工作主要包括三个部分：一是建库，二是实体整理，三是过程记录及整理。建库是数字化成果利用和发挥效用的基础，实体整理是保证质量的前提，过程管理是维护档案安全与完整，明确责任的重要环节。
科技档案的保存要做到严格保密
按科技档案存放材料的性质，分不同的密级，专设保密科技档案库，对没有得到当事人授权的情况下发生外泄材料要承担责任，严肃处理，要让科技人员放心归档，方便使用。
要努力开拓科技档案整理的服务项目，在管理办法中要鼓励计划科技档案、科研系统外的科技档案自觉归档或委托代管，要让科技档案涵盖更广的领域，扩大馆藏规模和种类。
档案整理的分类和实用整理步骤
根据所有的档案把不同类别的档案区分开来；鉴别每一份文件的保管期限，相同保管期限、相同类别的档案材料作为一个组卷单位，不同类别、不同保管期限 资料不能混装在同一个档案盒中。排序采用年度一保管期限一分类的方法，同一保管期限的档案资料，同一责任者的档案资料按档案形成的时间先后排序，报告、请示件要同批示、批复一起组件，批复、批示在前，请示报告在后;正件在前、附件在后;正本在前，定稿在后;转发件在前，被转发件在后重大活动资料可装订成册，作为一件。在组卷过程中，去掉 重复的档案材料，同类文件较少的能够立薄卷。