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在高真空抽气过程的起始阶段，泵的很大的未经烘烤的内表面会吸附水，然后再在较低的压力下重新释放出来。这种效应在无阀门的系统中更为明显，因为它可能比未暴露在压力高于150Pa的空气环境的有阀门的系统吸附更多的水蒸气。系统停机时，先关闭高真空阀，如果有液氮冷阱的话，还要将冷阱加热。在冷阱达到平衡温度后，关掉前级管道阀，再切断涡轮分子泵电动机的电源，使分子泵的转子减速。
一般来说，泵转子完全停止需要十分钟或更长的时间。在分子泵转子减速期间，来自前级管道的碳氢化合物和涡轮分子泵的润滑油蒸气会迅速地向泵的进气口上方区域扩散。为了防止机械泵油蒸气和涡轮分子泵润滑油蒸气的返流，在切断涡轮分子泵电动机的电源后，要用一股干燥的反向气流对分子泵进行放气。
例如，应该在泵转子速度下降到很大转速的50%左右时，在泵进气口上方的某处或在转子组件上部连续充入气或氮气，直到泵内压力达到大气压。通过从阀门3（见图1）充入气体就可适当地完成这一操作。当涡轮分子泵以额定速度运转时，不应经常充入压力为大气压的气流。这样做对轴的寿命是不利的。当前级管道阀关闭后，即可关掉机械泵系统，并用放气阀对机械泵内进行放气。停机后应立即关掉冷却水以防止内部冷凝。在正常工作时，可把水温调节到略高于来消除泵体外部可能形成的冷凝物。
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为了确认磁场对分子泵工作的影响，德国卡尔斯鲁厄理工学院（）设计并执行了下面的测试：测试条件和装置被测分子泵的型号为TwisTorr304FSCFF6，使用一对亥姆霍兹线圈(直径120厘米)来产生包围整个泵的均匀磁场。使用20℃的冷却水对分子泵持续进行冷却；分子泵的控制器会自动调整电机电流，保持转子以恒定转速运行。
使用安装于分子泵口的红外温度计测量被测试分子泵的转子温度。使用连接到分子泵外壳的PT100热电阻测量定子的温度。测试过程试验期间，涡轮泵以满转速持续运行。初始的磁场设置为1mT，泵在该磁场下运行12个小时以稳定转子温度；然后关闭磁场，再运行12个小时以使转子降温；然后再分别把磁场设置为2mT，按照前面的步骤继续进行测试，直至磁场增加到7mT。
当磁场逐步增加后，被测分子泵转子的平衡温度也随之上升，当磁场强度为7mT时，平衡温度上升到100摄氏度左右（分子泵的很大允许温度为120度）。
另外，使用该测试平台测试了另一台其它品牌的分子泵，一系列的对比测试表明，分子泵在相同的磁场条件下转子的平衡温度明显较低（5mT时，低大约40度）。
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传统的动平衡技术通过增加额外的质量，例如动平衡配重块，来减少质量分布的不均匀。质量动平衡借助机械加工流程而得到广泛使用，其中包括诸如磨削以及通过钻孔去除材料等工艺。在传统的动平衡过程中，转子的径向偏移是在轴承附近的两个测量层测量的。转子的不平衡度利用一种特殊的算法来确定。为了降低总不平衡程度，转子沿旋转轴分成多个平衡等级，每个等级都有相应的孔。
动平衡配重块沿着各平衡等级的圆周手动拧入。这样就降低了质量分布的不均匀，转子的剩余不平衡度被减少到所需的极限值以下。这里的不平衡度将在多种速度下确定，并逐步完成补偿，从而降低转子的振动并达到额定速度。
近些年来，涡轮分子泵的应用场景越来越多，许多制造领域以前常用低温泵和扩散泵来作为超高真空泵，目前已多被涡轮分子泵所取代。此外，随着相关应用领域对工作环境的要求越发严苛，对涡轮分子泵也提出了更高要求，特别是在次级特性方面。因此，高速转子一直需要进一步开发，包括转子的使用寿命、振动水平（即泵壳上发出的声响和振动），以及基于部件表面脱气性能方面的洁净度指标。
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